Po stwierdzeniu szkód w gospodarstwie rolnym w wyniku suszy, gradu, deszczu nawalnego, ujemnych skutków przezimowania, przymrozków wiosennych, powodzi, huraganu, pioruna, obsunięcia ziemi lub lawiny, rolnik powinien poinformować, właściwie terytorialnie urząd gminy poprzez złożenie pisemnego wniosku (wniosek w załączeniu),  w terminie do 10 dni od dnia wystąpienia niekorzystnych zjawisk atmosferycznych.

W przypadku posiadania gruntów w kilku gminach, producent rolny zgłasza szkody tylko w jednej gminie, tj. w tej w której znajduje się  siedziba gospodarstwa. We wniosku wyszczególnia się wszystkie uprawy, w tym trwałe użytki zielone położone we wszystkich gminach, również te w których poziom szkód wynosi 0 %. Powierzchnia upraw we wniosku powinna być zgodna z powierzchnią upraw w gospodarstwie, podaną we wniosku o dopłaty bezpośrednie, skierowanym do Biura Powiatowego Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. W przypadku jeżeli rolnik nie sporządził jeszcze wniosku o dopłaty, we wniosku do gminy podaje uprawy znajdujące się w gospodarstwie w dniu zgłoszenia szkody, wg działek rolnych z wniosku o dopłaty bezpośrednie z roku ubiegłego oraz planowane uprawy do zasiewu w roku bieżącym, sugerując się również powierzchnią działek z ubiegłorocznego wniosku o dopłaty.

Wniosek należy wypełnić czytelnie oraz wpisać wszystkie wymagane dane, wymienić wszystkie zwierzęta utrzymywane w gospodarstwie. Wnioski zgłoszone ustnie nie będą rozpatrywane.

Powołana przez Wojewodę Warmińsko-Mazurskiego komisja powiatowa ds. szacowania szkód w gospodarstwie rolnym, szacuje szkody w terminie 2 miesięcy od dnia zgłoszenia przez rolnika wystąpienia szkód, nie później jednak niż do czasu zbioru plonu głównego danej uprawy albo jej likwidacji.